La tomate comme les autre solanacées (poivron, piment, aubergine) sont attaquées par de nombreuses maladies dont la plus emblématiques est le mildiou. Le mildiou de la tomate est une maladie cryptogamique due à Phytophtora infestans. Les symptômes sont visibles sur les tiges en taches gris-brun d’aspect huileux, sur les feuilles en taches marron et d’un duvet blanc sur la face inférieure. Les fruits sont marbrés de brun, bosselés et deviennent durs. Cette maladie se développe lors de journée humide de mai à septembre. Elle est accentuée par une mauvaise aération (feuilles, distance entre les plants).

D’autres maladies plus courantes comme le Botrytis, Oïdium, Alternariose sont également présentent tout au long de la culture. Il convient de traiter préventivement avec le traitement bio maladies de la tomate.